多维图像分析软件-2 3D/4D Image Analysis Software(试运行)
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3/人使用者
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22/次总次数
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27/小时总时长
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2/人收藏者
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收费标准
机时0元/小时 -
设备型号
Imaris -
当前状态
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管理员
黄依18899768894,夏颖 15871694106 -
放置地点
卫光生命科学园1A栋二层209
- 仪器信息
- 预约资源
- 附件下载
- 公告
- 同类仪器
名称
多维图像分析软件-2 3D/4D Image Analysis Software(试运行)
资产编号
202409090302
型号
Imaris
规格
产地
英国
厂家
Andor
所属品牌
Andor
出产日期
购买日期
所属单位
生物医学影像平台
使用性质
科研
所属分类
资产负责人
黄依18899768894
联系电话
联系邮箱
huangyi@smart.org.cn,xiaying@smart.org.cn
放置地点
卫光生命科学园1A栋二层209
- 主要规格&技术指标
- 主要功能及特色
- 样本检测注意事项
- 设备使用相关说明
主要规格&技术指标
一、多维图像渲染Imaris core
可对多维数据进行背景扣除(Background Subtraction)、平场矫正(Pseudo Flat Field Corrected)等前处理。
提供MIP, Blend, Normal Shading, Shadow Projection等多种渲染模式。
可添加Slicer/Clipping plane等多种展示模式。
支持TB (Terabyte)级别的数据渲染与展示。
二、多维图像测量Measurement Pro
可测量多维图像中的空间距离,角度,荧光强度分布等。
支持TB (Terabyte)级别的数据分析。
交互式渲染大量的Surface对象和数以百万的Spot对象。
从复杂大数据中创建Surface和Spot对象。
使用机器学习分类或交互式筛选工具对Spot 和Surface对象进行分类、标记。
根据识别到的类別来展示和比较参数。
在每个通道的基础上测量强度。
根据任意计算参数对检测对象进行颜色编码,直观地选择对象提取关键参数。
计算对象之间的距离与重叠区域。
与随机分布相比的对象间的吸引和排斥测量。
利用二维Contour轮廓线功能进行半自动构建和测量三维物体。
利用AI像素分类创建Surface对象。
三、运动轨迹追踪TrackLineage
针对 2D/3D时间序列图像,可以利用轨迹追踪算法,识别物体的运动轨迹,并可得到如速度、加速度、位移、运动方向等运动相关的数据。
提供 Brownian Motion/ Autoregressive Motion /Connected Components/Lineage等多种算法,用于各类数据的自动轨迹追踪和分析。
交互式编辑、创建和修改轨迹和追踪对象。
自动检测细胞分裂事件,以确定细胞周期的持续时问和生成,同时显示交互式谱系树。
利用Reference Frame自动校正平移和旋转漂移。
四、共定位分析ImarisColoc
支持2D、3D、4D多维数据的共定位分析,可输出共定位结果并得到 Pearson’s coefficient, Mander’s coefficient等共定位参数。
多种共定位阈值选择方法,包括基于已有算法的自动模式。
实时获取统计数据。
以新的3D/4D通道显示数据。
扩展或缩小直方图中的计算范围。
支持对选区(Region of Interest, ROI)进行共定位分析。
用较少的步骤分析整个时间序列的共定位。
五、AI驱动的丝状/网状结构分析 FilamentTracer
AI驱动的可交互式的多维丝状/网状数据追踪方法,适用于下列数据类型:
神经生物学:神经元、神经网络、树突、树突棘、小胶质细胞等
血管、血管网络
光学超分辨数据:如线粒体或内质网的超分辨结构
单分子定位成像(SMLM)数据
其他丝状数据:如拟南芥的染色质丝、细菌的纤毛等。
可自动或半自动追踪检测并分析丝状结构,得到长度,直径,分支节点,密度等统计数据。
针对神经生物研究,可提供超过200种统计数据,用于不同应用的结果分析。
拥有TorchTM模式,辅助超大数据的渲染和计算,便于进行密集、复杂数据的半自动追踪。
全自动树突棘检测及形态学特征分析。
针对全结构、每一分枝、片段及特征点的交互式编辑。
神经元胞体、树突棘及其它非丝状结构的展示选项(如大小,颜色)。
检测并追踪形状、位置随时间的变化(与ImarisTrackLineage联合使用)。
六、反卷积ClearView
包含适用于 Spinning Disk Confocal, Widefield Fluorescence, Brightfield, Laser Scanning Confocal以及 TIRF成像模式的反卷积算法。
七、细胞及相关性分析 Cell
提供4 种不同算法,用于自动识别多维图像中的单个细胞及其亚结构。
自动输出单个细胞数据,并包含细胞及亚结构的关联数据。
检测细胞和细胞内细胞成分之间的关系。
使用具有生物学意义的图像分析单元(细胞、细胞核和囊泡)。
基于细胞质或细胞膜染色检测细胞(当只有膜标记时可用此细胞检测算法)。
检测和分类多种囊泡状物体。
在2D、3D、4D数据集中检测细胞的行为。
多维结果展示与组间分析 Vantage
支持生成并排的单参数图、双参数散点图和对象列表图以及散点图、箱线图。
比较两组或多组图像(对照组与试验组)。比较标记组与其它组。
使用统计参数来标定尺寸、颜色编码和比例。
识别趋势和异常值。
得到Wilcoxon、T-test, F-test和Kolmogorov-Smimnov结果,并将结果输出作进一步的统计分析。
为数据创建视觉展示,同时有助于更好地理解复杂的数据。
八、数据批处理 Batch
Imaris Batch能够批量处理和分析多个2D/3D+时间序列图像。
可自动批量前处理和分析图像。
所有批处理的进程都可在后台运行。
支持多线程批处理运行,最多支持4 个独立进程同时进行。
通过批量处理/分析节省时间,自动将分析流程应用到大量图像上。
精确地重复分析程序。
交互式地定义图像分析流程,井将其应用于大批量图像数据。
将机器学习分类等过程无缝地整合到IMARIS工作流程中。
集图像处理和目标检测于一体。
批处理支持Spots, Surfaces, Cells 及Filaments。
多维图像拼接 Stitcher
支持2D、3D、4D多通道图像的拼接。
支持TB 级别图像拼接。
支持自动或手动拼接。
可对多维数据进行背景扣除(Background Subtraction)、平场矫正(Pseudo Flat Field Corrected)等前处理。
提供MIP, Blend, Normal Shading, Shadow Projection等多种渲染模式。
可添加Slicer/Clipping plane等多种展示模式。
支持TB (Terabyte)级别的数据渲染与展示。
二、多维图像测量Measurement Pro
可测量多维图像中的空间距离,角度,荧光强度分布等。
支持TB (Terabyte)级别的数据分析。
交互式渲染大量的Surface对象和数以百万的Spot对象。
从复杂大数据中创建Surface和Spot对象。
使用机器学习分类或交互式筛选工具对Spot 和Surface对象进行分类、标记。
根据识别到的类別来展示和比较参数。
在每个通道的基础上测量强度。
根据任意计算参数对检测对象进行颜色编码,直观地选择对象提取关键参数。
计算对象之间的距离与重叠区域。
与随机分布相比的对象间的吸引和排斥测量。
利用二维Contour轮廓线功能进行半自动构建和测量三维物体。
利用AI像素分类创建Surface对象。
三、运动轨迹追踪TrackLineage
针对 2D/3D时间序列图像,可以利用轨迹追踪算法,识别物体的运动轨迹,并可得到如速度、加速度、位移、运动方向等运动相关的数据。
提供 Brownian Motion/ Autoregressive Motion /Connected Components/Lineage等多种算法,用于各类数据的自动轨迹追踪和分析。
交互式编辑、创建和修改轨迹和追踪对象。
自动检测细胞分裂事件,以确定细胞周期的持续时问和生成,同时显示交互式谱系树。
利用Reference Frame自动校正平移和旋转漂移。
四、共定位分析ImarisColoc
支持2D、3D、4D多维数据的共定位分析,可输出共定位结果并得到 Pearson’s coefficient, Mander’s coefficient等共定位参数。
多种共定位阈值选择方法,包括基于已有算法的自动模式。
实时获取统计数据。
以新的3D/4D通道显示数据。
扩展或缩小直方图中的计算范围。
支持对选区(Region of Interest, ROI)进行共定位分析。
用较少的步骤分析整个时间序列的共定位。
五、AI驱动的丝状/网状结构分析 FilamentTracer
AI驱动的可交互式的多维丝状/网状数据追踪方法,适用于下列数据类型:
神经生物学:神经元、神经网络、树突、树突棘、小胶质细胞等
血管、血管网络
光学超分辨数据:如线粒体或内质网的超分辨结构
单分子定位成像(SMLM)数据
其他丝状数据:如拟南芥的染色质丝、细菌的纤毛等。
可自动或半自动追踪检测并分析丝状结构,得到长度,直径,分支节点,密度等统计数据。
针对神经生物研究,可提供超过200种统计数据,用于不同应用的结果分析。
拥有TorchTM模式,辅助超大数据的渲染和计算,便于进行密集、复杂数据的半自动追踪。
全自动树突棘检测及形态学特征分析。
针对全结构、每一分枝、片段及特征点的交互式编辑。
神经元胞体、树突棘及其它非丝状结构的展示选项(如大小,颜色)。
检测并追踪形状、位置随时间的变化(与ImarisTrackLineage联合使用)。
六、反卷积ClearView
包含适用于 Spinning Disk Confocal, Widefield Fluorescence, Brightfield, Laser Scanning Confocal以及 TIRF成像模式的反卷积算法。
七、细胞及相关性分析 Cell
提供4 种不同算法,用于自动识别多维图像中的单个细胞及其亚结构。
自动输出单个细胞数据,并包含细胞及亚结构的关联数据。
检测细胞和细胞内细胞成分之间的关系。
使用具有生物学意义的图像分析单元(细胞、细胞核和囊泡)。
基于细胞质或细胞膜染色检测细胞(当只有膜标记时可用此细胞检测算法)。
检测和分类多种囊泡状物体。
在2D、3D、4D数据集中检测细胞的行为。
多维结果展示与组间分析 Vantage
支持生成并排的单参数图、双参数散点图和对象列表图以及散点图、箱线图。
比较两组或多组图像(对照组与试验组)。比较标记组与其它组。
使用统计参数来标定尺寸、颜色编码和比例。
识别趋势和异常值。
得到Wilcoxon、T-test, F-test和Kolmogorov-Smimnov结果,并将结果输出作进一步的统计分析。
为数据创建视觉展示,同时有助于更好地理解复杂的数据。
八、数据批处理 Batch
Imaris Batch能够批量处理和分析多个2D/3D+时间序列图像。
可自动批量前处理和分析图像。
所有批处理的进程都可在后台运行。
支持多线程批处理运行,最多支持4 个独立进程同时进行。
通过批量处理/分析节省时间,自动将分析流程应用到大量图像上。
精确地重复分析程序。
交互式地定义图像分析流程,井将其应用于大批量图像数据。
将机器学习分类等过程无缝地整合到IMARIS工作流程中。
集图像处理和目标检测于一体。
批处理支持Spots, Surfaces, Cells 及Filaments。
多维图像拼接 Stitcher
支持2D、3D、4D多通道图像的拼接。
支持TB 级别图像拼接。
支持自动或手动拼接。
主要功能及特色
Imaris软件是一款功能全面、强大的交互式多维图像可视化分析工具。它广泛应用于2D、3D、4D以及多通道图像的展示、渲染、交互式分析,支持包括宽场荧光显微镜、激光共聚焦显微镜、转盘共聚焦显微镜、多光子荧光显微镜、超分辨荧光显微镜、电子显微镜、CT、MRI等多种显微镜厂商的成像数据的可视化与分析。
Imaris软件拥有多个功能模块,包括点计数、表面结构渲染、神经网络分析、细胞分析、多对象动态追踪、多维荧光共定位分析等,这些模块在生命科学研究领域具有广泛的应用价值。它不仅能够进行多维图像的展示与重构,还能进行多维空间的测量、活细胞的轨迹追踪、神经类分支状结构的分析、共定位分析等多种研究需求。
Imaris软件拥有多个功能模块,包括点计数、表面结构渲染、神经网络分析、细胞分析、多对象动态追踪、多维荧光共定位分析等,这些模块在生命科学研究领域具有广泛的应用价值。它不仅能够进行多维图像的展示与重构,还能进行多维空间的测量、活细胞的轨迹追踪、神经类分支状结构的分析、共定位分析等多种研究需求。
样本检测注意事项
请及时拷贝数据。
设备使用相关说明
试运行期间,对内按照成本收取高价值耗材费用,对外需收费。
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